• 한국식물병리학회지
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• 제1권1호
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• pp.12-16
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• 1985

마이코플라스마에 감염된 대추나무, 뽕나무 및 일일초의 조직절편을 형광염색소인 DAPI(4'-6-diamidino-2-phenylindole$\cdot$2HCl), aniline blue 그리고 quinacrine(quinacrine mustard dihydrochloride)으로 염색하여 형광현미경하에서 관찰함으로서 이들 형광염색소의 마이코프라스마 감염진단에의 효용가치를 비교 조사하였다. 이병식물의 줄기절편의 절부에서 특이형광반응이 나타났으나 건전식물의 조직절편에서는 특이형광반응이 관찰되지 않음으로써, DAPI, anilinc blue 및 quinacrine 등의 형광염색소에 의한 조직염색법은 대추나무, 뽕나무 및 일일초의 마이코플라스마 감염을 식속 정확하게 진단하는 데 매우 유용한 방법임을 보여주었다. 한펀, 이들 형광염색소 중에서는 DAPI가 가장 효과적이었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제18권5호
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• pp.510-514
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• 1997

We studied the interaction of 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) with single stranded poly(dA) using optical spectroscopic methods, including absorption, circular dichroism (CD), and fluorescence spectroscopy. The temperature-dependent conformation of poly(dA) was also investigated. The conformation of poly(dA) varied with temperature, which is explained by the stacking-destacking process of the adenine bases, resulting from the sugar conformation. The hypochromicity and red-shift in the absorption spectroscopy, the lack of CD change in the drag absorption region, and the fluorescence behavior, especially a great accessibility of the I2 quencher to the poly(dA)-bound DAPI, suggest that DAPI binds to the outside of poly(dA). The Job plot for the DAPI-poly(dA) mixture demonstrated that a stoichiometry of one DAPI molecule binds to the one phosphate of poly(dA).

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제34권10호
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• pp.2895-2899
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• 2013

Direction of intercalation to DNA of the planar dipyrido[3,2-a:2',3'-c]phenazine ligands (dppz) of a bis-Ru(II) complex namely, $[Ru(1,10-phenanthroline)_2dipyrido[3,2-a:2^{\prime},3^{\prime}-c]phenazine]^{2+}$ linkered by a 1,3-bis(4-pyridyl)propane, was investigated by probing the behavior of 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) that bound deep in the minor groove. Bis-intercalation of DPPZ resulted in a little blue shift and hyperchromism in DAPI absorption band, and a large decrease in DAPI fluorescence intensity which accompined by an increase in the dppz emission intensity. Diminishing the intenisty of the positive induced circular dichroism (CD) and linear dichroism (LD) were also observed. These spectral changes indicated that insertion of dppz ligand caused the change of the binding mode of DAPI, which probably moved to the exterior of DNA from the minor groove and interacted with the phospghate groups of DNA by electrostatic interaction. At the surface of DNA, DAPI binds at the phosphate groups of DNA by electrostatic attraction. Consequently, this observation indicated that the dppz ligand intercalated from the minor groove.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.61-65
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• 2001

식물잎권의 잎표면세균에 대한 직접관찰과 이들을 분리시킨 용액 내 세균에 대한 간접관찰을 위하여 형광염료인 4', 6-diamidino-2-phenylindole(DAPI)와 acridine orange(AO)로 염색한 후 형광현미경을 사용하였다. AO로 염색한 잎표면은 배경형광이 진한 주홍색 이나 적색을 띠어 잎표면세균의 관잘 및 계수가 극히 힘들었으나 DAPI로 염색된 잎권세균은 뚜렷한 형광 영상을 나타내었다. 반면 잎표면세균 분리용액의 여과지에 대한 형광염색 결과는 DAPI와 AO 모두가 관찰이 가능하였다. 다만 DAPI가 AO에 비하여 형광 영상이 좀 더 뚜렷하였고 AO 염색과정에서는 염색된 여과지에 대한 세척과정이 필수적이었다. 최적의 DAPI 염색법은 잎과 여과지 모두가 5 $\mu$g/ml의 농도에서 5분 동안 염색하는 것이었다. 잎권의 형광현미경 관찰에 있어서 핵심적인 요소는 잎에서 나오는 수분을 최소화하는 것으로서 염색된 잎 시료를 거름종이 위에 올려놓고 공기 중에서 말리는 대신 $70^{\circ}C$를 유지한 건조기에서 2분 동안 말린 다음 바로 현미경으로 관찰하는 것이 가장 종은 방법인 것으로 확인되었다. 이렇게 확립된 형광현미경 관찰법을 떡갈나무의 잎권세균을 성공적으로 관찰하고 계수할 수 있었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제33권2호
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• pp.529-534
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• 2012

The fluorescence of 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) bound to DNA at a [DAPI]/[DNA base] ratio of 0.005 was quenched by meso-tetrakis(N-methylpyridinium-4-yl)porphyrin (TMPyP) or cis-bis(N-methylpyridinium-4-yl)porphyrin (BMPyP) when both DAPI and either porphyrin spontaneously bound to the same DNA strand. The quenching was investigated using the "one-dimensional inner sphere" and the "F$\ddot{o}$rster resonance energy transfer" (FRET) models. Total quenching occurred when DAPI and TMPyP were up to 19.3 base pairs or $66\AA$ apart. BMPyP could quench the fluorescence up to 13.9 base pairs or $47\AA$. TMPyP, which intercalated between the DNA base-pairs, appeared to be a better acceptor than BMPyP, which stacked along the DNA stem. The higher quenching and higher resonance energy transfer efficiency of TMPyP was due to the larger overlap integral between its absorption spectrum and the emission spectrum of DNA-bound DAPI.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제26권4호
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• pp.537-542
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• 2005

It was proposed that Ru(II)[(1,10-phenanthroline)$_2$dipyrido[3,2-a:2',3'-c]phenazine ([Ru(phen)$_2$DPPZ]$^{2+}$)complexes and 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) simultaneously bind to poly[d(A-T)$_2$] (Biophysics. J. 2003, 85, 3865). Förster type resonance energy transfer from excited DAPI to [Ru(phen)2DPPZ]$^{2+}$ complexes was observed. In this study, we synthesized $\Delta$- and $\wedge$-[Ru(phenanthroline)$_2$dipyrido[3,2-a:2’3’c]6-azaphenazine] ([Ru(phen)$_2$DPAPZ]$^{2+}$) at which the DNA intercalating ligand DPPZ was replaced and we studied its binding properties to poly[d(A-T)$_2$] in the presence and absence of DAPI using polarized spectroscopy and fluorescence techniques. All the spectroscopic properties of the [Ru(phen)$_2$DPAPZ]$^{2+}$-poly[d(A-T)$_2$] complex were the same in the presence and absence of DAPI that blocks the minor groove of polynucleotide, suggesting both $\Delta$- and $\wedge$-[Ru(phen)$_2$DPAPZ]$^{2+}$ complexes are located at the major groove of poly[d(A-T)2]. On the other hand, in contrast with [Ru(phen)$_2$DPPZ]$^{2+}$, both $\Delta$- and $\wedge$-[Ru(phen)$_2$DPAPZ]$^{2+}$ exhibited almost twice the efficiency in the fluorescence quenching of DAPI that binds at the minor groove of poly[d(A-T)$_2$]. This observation indicates that the efficiency of the Förster type resonance energy transfer can be controlled by a small change in the chemical structure of the intercalated ligand.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제2권3호
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• pp.129-134
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• 2000

Clear visualization of pepper (Capsicum annuum L.) microspore nuclei with common stains such as acetocarmine or propionocarmine is difficult, hindering cytological analysis. The DAPI stain after the addition of ferric chloride solution to fixative resulted in clear visualization of nuclei. For clear visualization of nuclei and slight fluorescence of microspore wall, addition of 40-60 ${mu}ell$ of ferric chloride solution to the 1 $m\ell$ fixative was identified as most effective. At all stages of gametophytic development, the nuclei can be distinctly visualized. Starch granules does not intefere with the fluorochrome, and so the vegetative and generative nuclei were cleary visible in binucleate pollens. With its rapidity and reliability, this technique represents an efficient tool for routine staging or investigation of the nuclear status of the microspore during culture.

• 한국환경과학회지
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• 제10권3호
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• pp.239-245
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• 2001

This research was performed to investigate the dynamics of microbial community by RBC (Rotating Biological Contactor) using Rhodococcus sp. EL-GT and activated sludge. Cell counts revealed by DAPI were compared with culturable bacterial counts from nutrient agar. Colony counts on nutrient agar gave values 20~25% and 1~15% of cell counts (DAPI). The cell counts for the dynamics of bacterial community were determined by combination of in situ hybridization with fluorescently-labelled oligonyucleotide probes and epifluorescence microscopy. Around 90~80% of total cells visualized DAPI were also detected by the bacteria probe EUB 338. For both reactors proteobacteria belonging to the gamma subclass were dominant in the first stage (1 and 2 stage) and proteobacteria belonging to the gamma subclass were dominant in the last stage (3 and 4 stage).

• 생명과학회지
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• 제16권3호
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• pp.534-539
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• 2006

크립토스포리디움은 염소내성이 매우 강해 일반적인 표준정수처리공정의 소독으로는 제거가 불가능하다. 따라서 본 연구에서는 오존 및 UV를 이용한 단위소독공정에서 DAPI/PI 및 in vitro excystation을 이용하여 크립토스포리디움 불활성화를 평가하였으며, 또한 오존을 이용한 고도산화처리 파일럿에서는 세포배양법을 이용하여 크립토스포리디움 불활성화를 평가하였다. 오존 소독연구는 50 mL 용량의 piston type batch reactor에서 용존오존을 자동적으로 측정해주는 flow injection analysis (FIA) 시스템을 이용하여 실험한 결과, 1 log 제거에 필요한 CT값은 $25^{\circ}C$에서 DAPI/PI 및 in vitro excystation에 의해 각각 약 1.8, 2.2 $mg/L{\cdot}min$으로 나타났으며, 2 log 제거에 필요한 CT값은 각각 약 3.2, 3.8 $mg/L{\cdot}min$으로 나타났다. 또한 $5^{\circ}C$에서 크립토스포리디움 1 log 제거에 필요한 CT값은 DAPI/PI 방법에 의해 약 9.1 $mg/L{\cdot}min$으로 나타났으며, 2 log제거에 필요한 CT값은 14.8 $mg/L{\cdot}min$로 나타나, 같은 소독효과를 나타내기 위해서 저온에서는 상온에서보다 요존 요구량이 약 $4{\sim}5$배 정도 증가하여야 함을 확인하였다. 40 L규모의 오존 반응조를 이용한 파일럿 실험에서는 정수처리공정상 모래여과를 거친 물에 살아있는 크립토스포리디움을 접종한 것을 시료로 하여 연속적으로 흐르게 한 다음, 오존량을 변화시키고 체류시간은 5분으로 고정하여 불활성화를 평가하였다. 실험결과, 8 $mg/L{\cdot}min$의 CT값에서 DAPI/PI 및 excystation과 같은 생사판별법을 이용하였을 경우에는 약 0.2 log정도의 불활성화를 나타내었으며, 세포감염시험법을 이용하였을 경우에는 약 1.2 log정도의 불활성화를 나타냈다. 오존에 의한 크립토스포리디움의 소독능 평가에 단위공정 및 파일럿 실험 모두 2가지 생사판별법(DAPI/PI와 excystation) 사이에는 큰 차이를 나타내지 않았으나, 생사판별법과 세포감염시험법 사이에는 현저한 차이를 나타내었는데, 이는 세포감염시험법으로 측정하는 sporozoite 및 merozoite로의 분화과정이 생사판별법이 근거한 세포벽의 구조와 기능 유지 보다 더 오존 소독에 더 민감함을 알 수 있었다. 파일럿 실험에서의 CT값이 piston batch reactor에서의 CT값 보다 낮게 나타난 것은 파일럿 실험에서 수작업으로 인한 용존 오존 측정이 정밀하지 못하여 IOD가 농도에 반영되지 않았고, 반응조 규모(50 mL vs 40 L) 및 형태(회분식 vs 연속식)의 차이에 기인하는 것으로 여겨진다. 한편, UV를 이용한 단위공정에서는 크립토스포리디움 1, 2 log 제거에 필요한 IT값은 $25^{\circ}C$에서 각각 DAPI/PI 방법에 의해 약 25, 50 $mWs/cm^2$로 나타났으며, $5^{\circ}C$에서의 크립토스포리디움 1, 2 log제거에 필요한 IT값은 약 40, 80 $mWs/cm^2$로 나타났다. 온도 $20^{\circ}C$ 감소 시 약 60% 정도의 IT값이 더 필요한데, 이것은 저온에서는 약한 자외선을 발산하는 저압저출력 UV 램프의 특성 때문인 것으로 사료되었다.

• 대한화학회지
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• 제42권5호
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• pp.506-511
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• 1998

생체 내에서 양이온을 가지는 폴리아민류인 스퍼민이 DNA에 결합할 경우 안정화도를 증가시킴과 동시에 구조적인 변환(B형태→Z형태 변환)을 유발하는 것으로 알려져 있다. 그러나, 스퍼민의 분광학적 비활성 때문에 DNA에 대한 정확한 결합 위치를 분광학적으로 결정하는 것은 불가능했으므로 그 결합메커니즘에 관한 구체적인 보고는 없다. 본 실험에서는 스퍼민에 대한 탐침 작용을 할 수 있는 물질로 분광 활성이 있으며 결합 자리를 잘 알고 있는 DAPI를 사용하였다. 합성 DNA에서 스퍼민의 결합 자리와 염기 선택성을 연구한 결과, 스퍼민의 농도가 커질수록 아데닌-티민 염기쌍이 교대로 나선을 이루는 $poly[d(A-T)_{2}]$ 에서는 스퍼민이 DNA의 작은 홈 주위의 인산기 뼈대에 걸쳐지면 DAPI의 소수성 환경을 증가시켜 형광스펙트럼의 세기를 급격히 증가시킨다. 구아닌-시토신 염기쌍이 교대로 반복되며 만들어진 $poly[d(G-C)_{2}]$에서는 스퍼민이 DNA의 큰 홈 속에 결합하면서 큰 홈에 걸쳐 있으면서 부분적으로 염기쌍사이에 삽입된 DAPI를 밀어내는 것으로 생각할 수 있다. 이 두 가지의 경우에 스퍼민이 염기쌍에 대해 특별한 선택성을 보이지 않았다.