The Design and Implementation of RIA-Based DNA Sequence Analysis Tools

RIA 기반 DNA서열 분석도구의 설계 및 구현

  • 김명관 (을지대학교 의료산업학부) ;
  • 조충효 (을지대학교 컴퓨터정보과)
  • Received : 2009.03.10
  • Published : 2009.04.30

Abstract

Due to the progress of Bioinformatics field, We are making use of analyzing tools for effective analyzing enormous data of DNA sequence. But there was inconvenience in existing tools when searching and applying data for analyzing. Our treatise proposes a tool developed by a form based on RIA(Rich Internet Application) that you can solve the problems came from weak points. The analyzing tool for RIA indexing data of DNA sequence shows the results by real time in basis of Web 2.0 which supplemented basis on a form of Web. The web application was developed in Flex2 on Windows workstation.

생명정보학 분야의 발전에 따라 방대한 양의 DNA서열 데이터를 효율적으로 분석하기 위해 분석도구가 사용되고 있다. 하지만 기존의 분석도구들은 분석하고자 하는 데이터를 찾고, 적용해야 하는 불편함이 있다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 웹2.0기반 RIA(Rich Internet Application) 방식으로 구현한 분석도구를 제안한다. RIA방식을 적용한 분석도구는 기존 웹 방식의 문제점을 보완한 웹2.0기반에서 DNA서열 데이터를 찾고, 실시간으로 분석내용을 보여준다. 개발된 웹 에플리케이션은 윈도우 시스템 상에서 Flex2를 이용하였다.

Keywords

References

  1. R.D. Fleischmann et al., ''Whole-genome random sequencing and assembly or Haemophilus influenzae Rd.", science. Vol.269, pp.496-512, 1995. https://doi.org/10.1126/science.7542800
  2. 김상수, "유전자 기능 분석을 위한 바이오인포매틱스 기법 소개", 대한간학회지, 제 10권, 제 1호, 11-21쪽, 2004.
  3. 니케이 바이오테크, "최첨단 리포트 유전자 비즈니스", 김영사, 2002.
  4. 최범순, 이경희, 권해룡, 조완섭, 이충세, 김영창, "웹 기반 통합 유전체 분석 시스템의 설계 및 구현", 한국멀티미디어학회논문지, 제7권, 제3호, 408-417쪽, 2004.
  5. Berriman, M., Rutherford, K., "Vierwing and annotating squence data with Artemis", Bioinformatice, Vol 4(2), 2003.
  6. Rutherford, K., Parkhill,J., Crook, "Aretemis: Seuence visualization and annotation", Bioinformatics, Vol.16(10), pp. 944-945, 2000. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.10.944
  7. URL: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis
  8. L., Catherine, "A Web interface generator for molecular biology program in Unix". Bioinformatics, Vol.7, No.1, pp. 73-83, 2001.
  9. 강주영, 용환승, "웹2.0의 개념과 전망", 정보과학회지, 제 25권, 제 10호, 5-11쪽, 2007.
  10. 옥상훈, "예제로 배우는 Adobe 플렉스2", 에이콘, 2006.
  11. 이호석, "XML과 응용의 고찰", 한국멀티미디어학회지, 제10권, 제1호, 1-13쪽, 2006.
  12. 김태환, 정병진, 손현석, 조영화, "바이오인포매틱스 ESTs 서열분석", 생능출판사, 30-32쪽, 2003.
  13. 신현삼, 배경희, 박강희, "개발자를 위한 플렉스2 실무테크닉", 성안당, 2007.
  14. 제임스티스달, 박현석, "펄로 시작하는 바이오인포맥틱스", 한빚미디어, 2002.
  15. 성종희, 김동규, "서열 정렬 알고리즘의 연구 동향", 한국멀티미디어학회 03 춘계학술발표논문집, 571-574쪽, 2003.
  16. 박현석, 정철. 자바로 배우는 바이오인포매틱스. 사이텍미디어, 2006.